思いつきのメモです。

考えてみたら殆どの機能キーは文字入力中にはいらない。
未確定の文字があるときは文字キー同時押しで機能キーが発動する必要はない。

変換中には文字キーはいらない。
変換を押したらホームポジションが単打でカーソルになれば良い訳だ。「確定→次の文字を入力」という使わない機能を割り当てる必要はない。確定を押したら文字キーに戻れば良い。句読点を「句読点＋確定」として確定同様に使うのも良いだろう。

単純にFlagを用意しておいて、文字を発行したらFlag+=１、機能キー発行で０で行けそう。
Flagが正のときには機能キーは抑制して仮名ニ文字と判定すれば良いし、スペースを押せば変換中になる。このときFlagはー１とする。
Flagがー１のときはカーソルキーが表面に来る仕組み。
BSはFlag-=1なのだけど、拗音でずれたりするようなら、ここだけime.ahkに頼る手もある。